RNA, em geral preparado através da transcrição de um DNA clonado, que se complementa a um RNAm ou DNA específico e é geralmente utilizado em estudos de
genes virais, distribuição de um RNA específico em
tecidos e
células, integração de DNA virais a genomas, transcrição, etc. Enquanto as
sondas de DNA são preferidas para o uso em nível mais macroscópico para detectar a presença de DNA/RNA de espécies ou subespécies específicas, as
sondas de RNA são preferidas para estudos genéticos. Marcadores convencionais para a sonda de RNA incluem
sondas de
radioisótopos 32P e 125I e o marcador
químico biotina. As
sondas de RNAm podem ser ainda subdivididas por categoria em
sondas de RNAm plus-sense,
sondas de RNAm minus-sense e
sondas de RNAm anti-sense.